7월 26일에 윤필상 등이 사초 사건 관련자 김일손·권오복·권경유 등의 죄목을 의논하여 서계하였다. 

“김일손·권오복·권경유는 대역(大逆)의 죄에 해당하니 능지처사(凌遲處死)하고, 이목·허반·강겸은 난언절해(亂言切害)의 죄에 해당하니 참수하고  적몰(籍沒)하며, 표연말·정여창·홍한·무풍부정(武豊副正) 이총은 난언(亂言)을 했고, 강경서·이수공·정희량·정승조는 난언한 것을 알면서도 고발하지 아니하였으니 아울러 곤장 1백 대에 3천 리 밖으로 내쳐서 봉수군(烽燧軍) 정로간(庭爐干 관아의 뜰에서 불을 피우거나 횃불을 밝히는 일에 종사하는 일)으로 정역(定役)하고, 이종준·최부·이원·강백진·이주·김굉필·박한주·임희재·이계맹·강혼은 붕당(朋黨)을 지었으니 곤장 80대를 때려 먼 지방으로 부처(付處)하고, 윤효손·김전은 파직을 시키고, 성중엄은 곤장 80대를 때려서 먼 지방으로 부처하고, 이의무는 곤장 60대와 도역(徒役) 1년에 과하고, 유순정은 국문하지 못했으며, 한훈은 도피 중에 있습니다.”

대간(臺諫)들도 역시 붕당(朋黨)으로 논한 것을 청하였다. 붕당은 김종직과 직·간접적으로 관련된 인물이라는 이유였다.  

이윽고 유자광이 아뢰었다. 
 
"강겸이 맨 처음 허반의 말을 들었으나, 김일손이 말을 내놓은 후 답하기를, ‘나도 역시 일찍이 권씨의 조행이 과연 높다고 들었다.’ 하였은즉, 허반의 죄와는 차이가 있지 않을까 하옵니다.“

유자광은 강겸을 감형을 건의한 것이다.  

또 노사신이 아뢰었다.  

"김종직이 시문(詩文)을 지어서 기롱하였으니, 그 정이 절해(切害)하므로 대역(大逆)으로써 논단하는 것이 진실로 당연하오나, 김일손 등은 단지 종직의 시문만을 찬양하였으니, 김종직과 더불어 죄과를 같이 하는 것은 부당하옵니다. 이 일은 마땅히 후세에 전해야 할 것이온즉 용이하게 결정지을 수 없사오니, 난언절해(亂言切害)로 논하는 것이 어떠하옵니까? 이와같이 하여도 역시 마땅히 가산(家産)은 적몰(籍沒)해야 하옵니다."

노사신은 김일손·권오복·권경유의 형량을 능지처사에서 난언절해로 낮출 것을 아뢴 것이다. 

이어서 윤필상이 아뢰었다.  

"신종호·이육은 지금 비록 사망하였사오나 그 죄를 다스리는 것이 어떠하옵니까?"

이러자 연산군이 전교하였다.  

"김일손 등을 벨 적에는 백관(百官)으로 하여금 가 보게 하라. 근일 경상도와 제천(堤川) 등지에서 지진이 일어난 것도 바로 이 무리들 때문에 그런 것이다. 옛사람은 지진이 임금의 실덕에서 온다 하였으나, 금번의 변괴는 이 무리의 소치가 아닌가 여겨진다. 유생(儒生)이 혹은 관(館)에 있고 혹은 사학(四學)에 있으므로 단지 옛글만 보았고, 조정의 법을 알지 못하여 서로 더불어 조정(朝政)을 비방하니, 어찌 이와 같은 풍습이 있었겠는가. 이 무리가 비록 문학이 있다 할지라도 소위가 이러하니, 도리어 학식이 없는 사람만 못하다. 

죄 있는 자는 당연히 그 죄에 처해야 하는 것이니, 이 뜻으로써 다시 선성부원군(宣城府院君 노사신)에게 물으라. 무령군(유자광)이 말한 강겸의 일은 과연 일리가 있으니 그 죄가 마땅히 허반보다 경해야 한다. 그 나머지도 스스로 율문(律文)이 있을 것이나 오직 이주만은 당연히 한 등급을 더해야 하며, 윤효손은 기망(欺罔)한 말이 있었으니 당연히 파직해야 하며 이극돈은 아뢰려 한 지가 오래라고 한다. 어세겸도 역시 파직해야 하느냐? 의논하여 아뢰라. 이육과 신종호도 마땅히 죄를 다스려야 한다. 이는 큰일이니 나는 종묘에 고유하고 중외(中外)에 반사(頒赦)하려고 한다. 경 등의 생각은 어떠한가?"

이에 윤필상 등이 아뢰었다.  

"종묘에 고유하고 사령(赦令)을 반포하는 것은 너무도 당연하옵니다. 이육·신종호에 있어서는 고신(告身)을 추탈(追奪)하는 것이 어떠하옵니까?"

노사신이 다시 아뢰었다.  

"김일손 등이 시문(詩文)을 자작(自作)한 것이 아니옵고 단지 김종직만 찬양하였사온즉 그 죄가 마땅히 가벼워야 하옵니다. 그러므로 감히 아뢰는 것이옵니다."

마침내 연산군은 전교하였다.  
“신종호 등은 아뢴 바에 의해 처치하라.”

(연산군일기 1498년 7월 26일 4번째 기사)