1498년 7월 26일에 연산군은 사초 사건 관련자들의 처벌에 대하여 전교하였다. (연산군일기 1498년 7월 26일 5번째 기사)  

"이극돈·유순 등은 처음에 아뢰려고 했다지만 빨리 아뢰지 않았으니 좌천(左遷)시키는 것이 가하며, 어세겸은 비록 알지 못했다 하지만 이미 그 일을 총괄하여 다스렸는데 누가 알지 못한다고 이르겠느냐. 파직하는 것이 어떠하냐? 대간 등의 일은 아뢴 바가 진실로 옳다. 

 이목·허반의 죄는 김일손과 더불어 동일한 것이 아니냐. 어찌하여 이렇게 의계(議啓)하였느냐? 임희재는 다른 사람에 비교가 아닌데 그 죄가 어찌 이에 그치느냐?"

이러자 윤필상 등이 아뢰었다.  

"상좌(常坐)한 도청 당상(都廳堂上)도 이미 좌천되었으니 정승도 마땅히 이와 같아야 하옵니다. 이목은 자기가 사초(史草)를 지은 것이 아니니 김일손과는 차이가 있사오며, 허반의 범죄는 역적(逆賊) 모의에 비할 바가 아니오며, 임희재는 고론(高論)이 저와 같으니 이 역시 붕당(朋黨)이기 때문에 이처럼 논계한 것이옵니다."

이윽고 연산군이 전교하였다.  

"마땅히 백관에게 가자(加資)를 해야 하겠다.“

이에 윤필상 등은 ‘전례가 없다.’고 아뢰니, 연산군은 "그렇다면 정지하라."고 전교하였다. 
조금 있다가 강귀손이 아뢰었다.  

"어세겸은 단지 공의(共議)하기 위해 와서 참예한 것입니다. 그러나 도청 당상은 수찬(修撰)의 일을 전담하여 육방(六房)의 일을 두루 알지 못하는 것이 없사온데, 비록 아뢰려고 했다 하여도 오래도록 계달하지 않았으며, 9일에 함께 본 뒤에도 또한 즉시 아뢰지 않았으니 그 죄가 중한지라 육방(六房) 당상들과 같이 좌천시킨다는 것은 불가합니다. 청컨대 파직시키소서.“

다시 연산군이 전교하였다. 
 
"이와 같은 일은 말로 하기가 심히 어려우니, 마땅히 통렬히 다스려서 후세 사람으로 하여금 경계하도록 하여야 한다. 승지(承旨) 이세영과 내관(內官) 최치돈은 가서 곤장(棍杖)을 감시하고, 승지 김영정과 내관 설맹손은 가서 형(刑)을 감시하라. 

그리고 백관(百官) 중에 처형 보기를 꺼려서 혹 고개를 돌리거나 혹은 낯을 가리거나 참예하지 않는 자가 있으면 모조리 이름을 써서 올려라. 내가 장차 그 죄를 다스리겠다."

이어서 연산군은 "유형(流刑)이나 부처(付處)를 받은 사람들은 마땅히 15일안으로 정배(定配)해야 한다."고 전교하였다.  

이에 윤필상 등이 서계하였다.  

"강겸은 강계에 보내어 종을 삼고, 표연말은 경원으로, 정여창은 종성으로, 강경서는 회령으로, 이수공은 창성(昌城)으로, 정희량은 의주로, 홍한은 경흥으로, 임희재는 경성으로, 이총은 온성으로, 유정수는 이산(理山)으로, 이유청은 삭주(朔州)로, 민수복은 귀성(龜城)으로, 이종준은 부령(富寧)으로, 박한주는 벽동(碧潼)으로, 신복의는 위원(渭原)으로, 성중엄은 인산(麟山)으로, 박권은 길성(吉城)으로, 손원로는 명천(明川)으로, 이창윤은 용천(龍川)으로, 최부는 단천(端川)으로, 이주는 진도로, 김굉필은 희천(熙川)으로, 이원은 선천(宣川)으로, 안팽수는 철산(鐵山)으로, 조형은 북청으로, 이의무는 어천(魚川)으로 정배(定配)하소서."

이러자 연산군이 좇았다. (연산군일기 1498년 7월 26일 6번째 기사) 

유배 간 사람들은 김종직·김일손과 관련된 표연말·김굉필·정여창·이총 같은 사람들 외에 사헌부 장령 유정수, 집의 이유청, 사간원 사간 민수복, 정언 박권, 헌납 손원로, 정언 이창윤, 지평 안팽수, 장령 조헌 등 사헌부와 사간원의 대간 9명도 있었다. 

7월 17일에 연산군은 동·서반 3품 이상과 대간· 홍문관원 들을 모두 모아 놓고 김일손의 사초에 실린 김종직의 조의제문에 대하여 자세히 전지한 다음에 신하들에게 형량을 의논하여 아뢰라고 전교했다. 

정문형·이극균 등은 부관참시하라고 했고, 유지·성현 등은 극형에 처하라고 아뢰었다. 김종직의 제자인 이인형·표연말도 참형이 마땅하다고 아뢰었다. 그런데 이유청·민수복 등 대간(臺諫)들은 가벼운 의견을 내놓았다. 

"김종직의 조의제문은 말이 많이 부도(不道)하니, 죄가 베어도 부족하옵니다. 그러나 그 사람이 이미 죽었으니 작호(爵號)를 추탈하고 자손을 폐고(廢錮)하는 것이 어떠하옵니까?"

이러자 연산군은 대간들을 즉시 형장 심문하라고 명했고, 곧바로 끌려 나간 이유청 등은 형장 30대를 맞았다. (연산군일기 1498년 7월 17일 2번째 기사) 이후 이유청 등은 유배를 갔다.