1498년 7월 27일 김일손 등을 처형하고 난 연산군은 김일손 등의 추국관이었던 당상(堂上)·낭청(郞廳)과 의금부 낭청·이졸(吏卒)에게 차등 있게 상을 논하였다. 

윤필상·노사신·한치형에게는 각각 반당(伴儻: 호위병) 10명, 남종·여종 아울러 13명, 구사(丘史 구종(驅從)으로 하사하는 관노비) 7명, 전(田) 100결(結), 표리(表裏 비단 옷의 겉감과 안감) 1단, 내구마(內廐馬) 1필, 죄인의 가옥 1채와 그 부모 처자에게도 작(爵)을 내리고, 
 유자광에게는 반당 8명, 남종·여종 아울러 10명, 구사 5명, 전 80결, 표리 1단, 내구마 1필, 죄인 가옥 1채와 그 부모 처자에게도 작을 내렸다. 

그리고 성준·박건·신수근·강귀손·김자정·김영정 등에게는 각기 자급(資級)을 뛰어올리고 가낭청(假郞廳) 최한원·성희안·유헌·박열·남곤·신공제와 주서(注書) 이희순에게는 각기 한 자급을 더하고 녹비(鹿皮) 1장을 내리고, 승전색(承傳色) 김자원에게는 가선대부로 승진시켰다.  

김일손을 잡아온 의금부 낭청 홍사호·신극성에게는 각기 한 자급을 가하고, 선전관 신돈의에게는 숙마(熟馬) 1필을 내리고, 경력(經歷) 오세훈에게는 아마(兒馬) 1필을 내리고, 선전관 유계종, 도사 임맹영·이지화·정후인·박진경에게는 별조궁(別造弓) 1정(丁)을 내렸다. (연산군일기 1498년 7월 27일 2번째 기사)

이러자 윤필상·노사신·한치형·유자광·성준이 아뢰었다. 

"지금 신 등이 죄인을 국문한 일로써 상을 논한 것이 너무 중합니다. 무릇 형(刑)과 상은 임금이 그것을 사용하여 나라의 정사를 해 나가는 것이므로, 혹시라도 남시(濫施 포상의 남발)가 있다면 다스리는 도에 누(累)가 될 뿐 아니라, 도리어 후세의 공론에 부끄러움이 있을 것입니다. 청컨대 사양하겠습니다."

이에 연산군이 전교하였다. 

"이번 일이 심히 중대한 것이라, 마땅히 후하게 상을 내려야하오. 아무리 대간(臺諫)이라도 어찌 감히 논의가 있겠소. 감히 의논하는 자가 있다면 이는 종묘 사직을 경멸히 여기는 것이니 응당 죄를 받을 것이오, 다시 말하지 마오." (연산군일기 1498년 7월 27일 3번째 기사)

이어서 도승지 신수근(1450∽1506)도 사초 사건에 대한 포상을 사양하였다. 신수근은 영의정 신승선의 아들로, 연산군의 처남이자 연산군의 이복동생인 진성대군(훗날 중종)의 장인이었다. 그는 연산군이 즉위한 후 1495년에 좌부승지, 1496년 우승지, 1497년에 도승지가 되었다.

"신은 출납(出納)을 맡았을 뿐인데 등급을 초월하여 발탁하심이 이와 같으시니, 공론이 진실로 두렵사옵니다."

이에 연산군은 "하늘이 주는 것이니(天與之也), 경이 사양하려 해도 사양할 수 없을 것이다."라고 전교했다. (연산군일기 1498년 7월 27일 4번째 기사)

7월 28일에 윤필상 등이 사초 사건과 관련한 포상에 대해 다시 아뢰었다.

"작상(爵賞)은 임금의 대권(大權)이지만, 만약 남시(濫施)를 한다면 다스리는 도(治道)에 누(累)가 있을 것이오니, 후세의 공론(公論)을 어찌하오리까.“
이러자 연산군이 전교하였다. 

"이번 일은 중대한 일인데 경 등이 발견해냈으니, 종묘사직에 공이 있으므로 상을 아니 줄 수 없는 것이오."
(연산군일기 1498년 7월 28일 1번째 기사)

이처럼 연산군은 김일손의 사초 사건을 처리한 훈구대신들과 관리들을 포상하였다.    

한편 사간원 사간(司諫) 안윤덕은 사초 사건과 관련한 포상이 지나침을 아뢰었다. 

"근일에 추국관은 자급이 뛰었고 승전색 김자원과 문사낭청(問事郞廳)도 아울러 가자(加資)가 되었사온데, 이 사람들은 다 명령을 받들어 옥사를 문초하였을 따름이니 작상(爵賞)이 너무나도 넘치옵니다. 청컨대 곧 고치시옵소서."

이러자 동부승지 이세영이 어제 내린 어서(御書)를 보여주니, 안윤덕은 보고 놀라며 "이와 같은 줄은 알지 못했다."고 하면서 꼬리를 내렸다.  
(연산군일기 1498년 7월 28일 2번째 기사)